Cuối triều đại của mình, nhà vua luôn lo lắng cho đất nước vì biên giới phía đông luôn bị quân của Hiệp sĩ Teutons và Tatars đe dọa. Tháng 8/1506, quân Tatars xâm nhập vào Lida, nhưng đến ngày 5 tháng 8 năm 1506 tại Kleck, họ bị người Litva đánh bại.

Alexander mất ngày 19 tháng 8 năm 1506 mà không có con hợp pháp sống sót ở tuổi 45 ở Vilnius, ông được chôn cất tại nhà thờ Vilnius. Sau khi ông băng hà, người em trai út còn sống là Sigismund lên kế vị, hiệu Sigismund I của Ba Lan